Музей располагается в здании культурного центра «Казань» с 2005 года. В трех залах музея общей площадью около 400 кв. метров расположилась уникальная экспозиция, связанная с городом и его историей.
Много пространства отведено коллекции материального наследия, посвященной древней Казани, начиная с периода до нашей эры и до эпохи XV века. В экспозиции представлены утерянные памятники, среди которых легендарные Казанские ворота (символ независимости). К воротам был восстановлен ключ города, выполненный по аналогии булгарских ключей. Здесь собраны экспонаты, связанные с духовной культурой Казани, материалы, рассказывающие о пребывании в Казани царственных особ Петра I, Николая I и Екатерины Великой.
Завершают экспозицию материалы, посвященные истории города в период СССР и современной Казани. Кроме того, здесь представлен богатый материал о нынешних международных связях Казани.
Особенность музея 1000-летия Казани — наличие большого количества мизансцен, что делает его более «живым».
